Несмотря на наступившие тяжелые времена, развитие больницы по мере возможностей продолжалось. Так, в 1996 году было открыто ЛОР-отделение.

С 2000 года больница №33 начала оказывать экстренную помощь по хирургии и травматологии уже пяти районам Нижнего Новгорода,
а отделение реанимации — экстренную помощь родильницам всего города. На областной уровень вышел и единственный в регионе токсикологический центр, который встал на службу всей Нижегородской области. В 2004 году открылось специализированное кардиологическое отделение на 50 коек с палатой интенсивной терапии, а в 2005 году организованы нефрологическое отделение и отделение гемодиализа.

В 2006 году больницу возглавил нынешний главный врач Павел Сергеевич Зубеев.